De voornaamste activiteiten van EIBIP en de regionale innovatiecentra zijn het monitoren, faciliteren, stroomlijnen en initiëren van projectimplementaties.
De drie innovatiecentra zijn bedoeldom innovatie te faciliteren en de binnenvaart te ondersteunen om vergroeningsprojecten op de been te helpen. De activiteiten die op dit niveau worden uitgevoerd, kunnen per regio verschillen, waardoor een optimale afstemming op de regionale dynamiek wordt gegarandeerd.
Naast de regionale focus zullen de innovatiecentra verder instrumenten ontwikkelen en inzetten op EU-niveau (zoals de Econaut CO2-calculator, de Greening Tool en de Total Cost of Ownership-tool) en zullen ze toezeggingen van de industrie creëren voor verdere co-creatie.