Die thematischen Ziele des operationellen Programms sind:

1. Stärkung von Forschung, technologischer Entwicklung und Innovation 
   • Verbesserung der Infrastruktur und Kapazitäten im Bereich Forschung und Innovation (F&E&I) durch: (i) Investitionen in F&E&I-Infrastruktur, einschließlich Ausrüstung oder e-Infrastruktur; (ii) Entwicklung aller Projektunterlagen, die für die erfolgreiche Anwendung und weiterer Durchführung von F&E&I-Infrastrukturprojekten erforderlich sind; (iii) Zuschussschemata für F&E&I-Projekte; (iv) Unterstützung von Technologietransferbüros und (v) Aktivitäten in Wissenschafts-Technologieparks
   • Förderung von Investitionen in F&I durch Unterstützung von F&E-Projekten für den Unternehmenssektor, die auf industrielle Forschung, experimentelle Entwicklung und Durchführbarkeitsstudien oder Grundlagenforschung abzielen, die zur Einführung neuer Produkte, Dienstleistungen und neuer Verfahrenstechniken führen.
2. Verbesserung des Zugangs zu den Informations- und Kommunikationstechnologien sowie deren Nutzung und Qualität
3. Stärkung der Wettbewerbsfähigkeit der kleinen und mittleren Unternehmen, des Agrarsektors (für den ELER) und des Fischereisektors und der Aquakultur (für den EMFF) sowie unter anderem in folgenden Bereichen
   • Ermöglichen eines einfacheren Zugangs zu Finanzierungsmitteln für KMUs durch z. B. Darlehen und Garantiefonds für KMUs – für neue Kapitalinvestitionen, die ihr Produkt- und Marktprofil verbessern (Investitionen in neuartige Technologien, Hochtechnologieindustrien und wissensintensive Tätigkeiten)
   • Verbesserung der Geschäftsentwicklung und der technologischen Bereitschaft durch (i) Anfangsinvestitionen, die zum Aufbau oder zur Erweiterung der vorhandenen Kapazitäten, oder zur Diversifizierung der Produktion führen, … (ii) Ausbildung und Beratung, die direkt mit den neuen Leistungen des Unternehmens verbunden sind;
   • Unterstützung von Unternehmen bei der Erfüllung der geltenden Anforderungen an Normen, Konformitätsbewertung und Zertifizierung von Produkten/Dienstleistungen/Prozessen
   • Verbesserung der Wettbewerbsfähigkeit und Effizienz von Unternehmen durch ICT (Einführung/Umsetzung von E-Business-Lösungen, E-Services zwischen Unternehmen (B2B) und über Unternehmensgrenzen hinaus, wie z. B. Supply Chain- oder Kundenbeziehungsmanagement) etc.
   • Unterstützung der Kommerzialisierung von FuE-Ergebnissen für (ausschließlich) KMUs, zur Deckung der Kosten materieller und immaterieller Vermögenswerte, des Industriedesigns, der unerlässlichen spezifischen Schulungen und Beratungen, der Entwicklung von Dienstleistungen und der Förderung des Markteintritts usw.
4. Unterstützung des Wechsels zu einer kohlenstoffarmen Wirtschaft in allen Sektoren, wobei der Schwerpunkt unter anderem auf
   (i) der Steigerung der Energieeffizienz und dem Einsatz erneuerbarer Energiequellen in der verarbeitenden Industrie und
   (ii) im privaten Dienstleistungssektor (Tourismus und Handel) liegt
5. Förderung der Klimawandelanpassung, Risikopräventionsmanagement
6. Schonung und Schutz der Umwelt; und Ressourceneffizienz fördern
7. Die Förderung eines nachhaltigen Verkehrs und die Beseitigung von Engpässen bei den wichtigsten Netzinfrastrukturen konzentriert sich (unter anderem) auf die Erhöhung des Güterverkehrsaufkommens auf den Binnenwasserstraßen durch folgende Beispiele für Maßnahmen:
   • Ausbau der Hafeninfrastruktur (mit Schwerpunkt auf den Binnenhäfen Vukovar und Slavonski Brod (TEN-T-Kern) und Osijek (TEN-T umfassend):
     Bau oder Modernisierung der Infrastruktur für den Betrieb von Binnenhäfen, einschließlich des direkten Zugangs und Verbindungen zu anderen Verkehrsträgern (Modernisierung und Bau neuer Anlagen zur Erhöhung der Kapazität der bestehenden Häfen; Modernisierung der Straßen- und Schieneninfrastrukturanbindung, Bau des Hafenbeckens und Ausbau der Hafenanlagen)
   • Verbesserung der Schiffbarkeit auf den Binnengewässern: Verbesserung der Schiffbarkeit der Binnenwasserstraßen mit Schwerpunkt auf dem Fluss Sava (zur Erreichung der Schiffbarkeitsanforderungen des Flusses Sava, Vergrößerung der Wasserwege und Beseitigung der Engpässe, um die Schiffbarkeit der Donau und Drau (nur stromabwärts bis Osijek) entsprechend den geforderten Schiffbarkeitsniveaus gemäß. AGN zu erreichen
   • Erstellung der Projektdokumentationen
8. Förderung der sozialen Eingliederung, Bekämpfung von Armut und Diskriminierung
9. Investitionen in die allgemeine und berufliche Bildung, Berufsbildung für spezielle Qualifikationen und lebenslanges Lernen

Die Kofinanzierungssätze werden in den Leitlinien zu den einzelnen Förderprogrammen und Ausschreibungen/Calls detailliert festgelegt.

Die einzelnen Ausschreibungen/Calls im Rahmen des Europäischen Struktur- und Investitionsfonds sind in Kroatien auf der zentralen Website des Ministeriums für Regionalentwicklung und Fonds der Europäischen Union veröffentlicht: www.strukturnifondovi.hr.